Công ty Cổ phần Cảng An Giang tiền thân là Cảng Mỹ Thới An Giang là doanh nghiệp nhà nước trực thuộc tỉnh được thành lập theo Quyết định số 615/QĐ.UB ngày 31/12/1992 của UBND tỉnh An Giang vào năm 1992 với vốn điều lệ ban đầu là 4.265.000.000 đồng. Thực hiện Quyết định số 230/QĐ-TTg ngày 26/02/2008 của Thủ Tướng Chính phủ về việc phê duyệt phương án sắp xếp, đổi mới công ty Nhà nước thuộc Ủy ban Nhân dân tỉnh An Giang giai đoạn 2008-2010, Công ty chính thức hoạt động theo mô hình Công ty cổ phần kể từ ngày 01/4/2011 với vốn điều lệ là 138 tỷ. 

Công ty cổ phần Cảng An Giang hiện quản lý Cảng Mỹ Thới An Giang (là cảng biển quốc tế thuộc Nhóm cảng số 6 của Hệ thống Cảng Biển Việt Nam) và Cảng thuỷ nội địa Bình Long. Được sự quan tâm của lãnh đạo tỉnh và sự tín nhiệm của quý khách hàng Cảng ngày một phát triển và vươn tới là cảng đầu mối trung tâm của Đồng bằng sông Cửu Long. Song, bên cạnh đó thực hiện Quyết định số 2190/QĐ-TTg ngày 24/12/2009 của Thủ tưởng chính phủ Về việc phê duyệt Quy hoạch phát triển hệ thống cảng biển Việt Nam đến năm 2020, định hướng đến năm 2030 Cảng Mỹ Thới sẽ nâng cấp mở rộng cảng để đến năm 2015 tiếp nhận tàu 10.000DWT cập cầu làm hàng, đồng thời sẽ tiếp nhận một số cảng khác trong địa bàn tỉnh như cảng Tân Châu, cảng Châu Đốc…